საქართველოს სახელმწიფო მეთაურის 1994 წლის 23 ივნისის N124 განკარგულებით საქართველოს უშიშროების სამსახურის სამთავრობო დაცვის სამმართველოს ბაზაზე შეიქმნა საქართველოს რესპუბლიკის სამთავრობო დაცვის სამსახური, რომლის უფროსად დაინიშნა ვახტანგ ქუთათელაძე.
საქართველოს სახელმწიფო მეთაურის 1994 წლის 4 აგვისტოს N45 ბრძანებულებით საქართველოში აკრედიტებული დიპლომატიური წარმომადგენლობების დაცვის ფუნქციები გადაეცა საქართველოს რესპუბლიკის სამთავრობო სამსახურს. ასევე, ქვეყნის მეთაურის განკარგულებით საქართველოს რესპუბლიკის სამთავრობო დაცვის სამსახურის კავშირგაბმულობის სამმართველოს დაევალა შემდეგი სახის კავშირის საშუალებების დამონტაჟებისა და ექსპლუატაციის ორგანიზება:
1.სრულიად საიდუმლო სატელეფონო სადგური - კომუტატორი „სკ“;
2.რადიოსატელეფონო დახურული კავშირი;
3.ფოტოდოკუმენტური კავშირი (შიფრსამსახური);
4.რადიოკავშირი (თვითმფრინავი);
5.სატელიტური სატელეფონო დახურული კავშირი;
6.საქალაქო სამთავრობო გარანტირებული სატელეფონო კავშირი.
საქართველოს სახელმწიფო მეთაურის 1994 წლის 13 ნოემბრის N231 განკარგულებით საქართველოს რესპუბლიკის სამთავრობო დაცვის სამსახურს ნება დაერთო ყოველწლიურად 100 წვევამდელი გაეწვია.
1996 წლის 20 თებერვალს საქართველოს პარლამენტმა მიიღო კანონი „სახელმწიფო დაცვის სპეციალური სამსახურის შესახებ“, რის შედეგადაც სამთავრობო დაცვის სამსახურს ეწოდა სახელმწიფო დაცვის სპეციალური სამსახური.
კანონის მიხედვით განისაზღვრა სამსახურის სტრუქტურა:
1.საქართველოს პრეზიდენტის დაცვა;
2.აფხაზეთისა და აჭარის სახელმწიფო დაცვის სპეციალური სამსახურის ქვედანაყოფები;
3.პირადი დაცვის სამმართველო;
4.ადმინისტრაციული შენობებისა და სამთავრობო რეზიდენციების დაცვის სამმართველო;
5.დიპლომატიური წარმომადგენლობებისა და საკონსულოების დაცვის სამმართველო;
6.ოპერატიული სამმართველო;
7.კადრების სამმართველო;
8.სამეურნეო სამმართველო;
9.სპეციალური დანიშნულების ქვედანაყოფი;
10.სამსახურის უფროსის აპარატი;
11.კავშირგაბმულობის სამმართველო;
12.ოპერატიულ-ტექნიკური განყოფილება;
13.საფინანსო განყოფილება;
14.სამედიცინო განყოფილება.
საქართველოს პრეზიდენტის 1998 წლის 23 დეკემბრის N709 ბრძანებულებით სახელმწიფო დაცვის სპეციალურ სამსახურში შეიქმნა საქართველოს მილსადენის კომპანიისა და სხვა ობიექტების დაცვის სამმართველო.
კანონის მიხედვით განისაზღვრა სამსახურის სტრუქტურა:
1.საქართველოს პრეზიდენტის დაცვის მთავარი სამმართველო;
2.პირადი დაცვის დეპარტამენტი;
3.ადმინისტრაციული შენობებისა და სამთავრობo რეზიდენციების დაცვის დეპარტამენტი;
4.ოპერატიული დეპარტამენტი;
5.ოპერატიულ-ტექნიკური დეპარტამენტი;
6.სამსახურის ადმინისტრაცია(დეპარტამენტი);
7.გენერალური ინსპექცია(დეპარტამენტი);
8.ეკონომიკური დეპარტამენტი;
9.სპეციალური დანიშნულების მთავარი სამმართველო;
10.კადრების მთავარი სამმართველო;
11.სპეციალური დანიშნულების ავტოკოლონის უსაფრთხო გადაადგილების უზრუნველყოფის მთავარი სამმართველო;
12.სამედიცინო მთავარი სამმართველო;
13.აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავარი სამმართველო;
14.აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავარი სამმართველო;
15.დასავლეთ საქართველოს მთავარი სამმართველო.
2013 წლის 28 მარტის საქართველოს მთავრობის №71 დადგენილებით დამტკიცებული სახელმწიფო დაცვის სპეციალური სამსახურის დებულებით, განისაზღვრა სამსახურის შემდეგი სტრუქტურული დანაყოფები:
1. სამსახურის ადმინისტრაცია (დეპარტამენტი);
2. პირადი დაცვის დეპარტამენტი;
3. საქართველოს პრემიერ-მინისტრის დაცვის მთავარი სამმართველო;
4. განსაკუთრებული მნიშვნელობის ობიექტების დაცვის დეპარტამენტი;
5. ოპერატიული დეპარტამენტი;
6. ოპერატიულ-ტექნიკური დეპარტამენტი;
7. გენერალური ინსპექცია (დეპარტამენტი);
8. ეკონომიკური დეპარტამენტი;
9. სპეციალური დანიშნულების დეპარტამენტი;
10. კადრების მთავარი სამმართველო;
11. ესკორტირების მთავარი სამმართველო;
12. სამედიცინო მთავარი სამმართველო;
13. აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავარი სამმართველო;
14. აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის მთავარი სამმართველო;
სახელმწიფო დაცვის სპეციალური სამსახურის უფროსები:
1994 - 1998 წწ. - ვახტანგ ქუთათელაძე, გენერალ-ლეიტენანტი
1998 - 2003 წწ. - სულხან პაპაშვილი, სახელმწიფო დაცვის გენერალ-ლეიტენანტი
2003 - 2004 წწ. - გიორგი ალექსიძე, სახელმწიფო დაცვის გენერალ-მაიორი
2004 -2010 წწ. - ოთარ ქველიძე, სახელმწიფო დაცვის გენერალ-ლეიტენანტი
2010 - 2013 წწ - თეიმურაზ ჯანაშია, სახელმწიფო დაცვის გენერალ-მაიორი
2013 - 2014 წწ - ანზორ ჩუბინიძე, სახელმწიფო დაცვის ვიცე-პოლკოვნიკი
2014 წლის 06 თებერვლიდან - თეიმურაზ მღებრიშვილი, სახელმწიფო დაცვის პოლკოვნიკი
